Kapag ang isang CNC system ay isinaaktibo, ang nais na mga pagbawas ay na-program sa software at idinidikta sa kaukulang mga kasangkapan at makinarya, na nagsasagawa ng mga gawaing dimensyon gaya ng tinukoy, katulad ng isang robot.

Sa CNC programming, ang code generator sa loob ng numerical system ay madalas na ipagpalagay na ang mga mekanismo ay walang kamali-mali, sa kabila ng posibilidad ng mga pagkakamali, na mas malaki sa tuwing ang isang CNC machine ay idinidirekta na maghiwa sa higit sa isang direksyon nang sabay-sabay.Ang paglalagay ng isang tool sa isang numerical control system ay binalangkas ng isang serye ng mga input na kilala bilang part program.

Gamit ang isang numerical control machine, ang mga programa ay inilalagay sa pamamagitan ng mga punch card.Sa kabaligtaran, ang mga programa para sa mga CNC machine ay ibinibigay sa mga computer sa pamamagitan ng maliliit na keyboard.Ang CNC programming ay pinananatili sa memorya ng isang computer.Ang code mismo ay nakasulat at na-edit ng mga programmer.Samakatuwid, ang mga CNC system ay nag-aalok ng mas malawak na kapasidad sa pag-compute.Pinakamaganda sa lahat, ang mga CNC system ay hindi static dahil ang mga mas bagong prompt ay maaaring idagdag sa mga pre-existing na programa sa pamamagitan ng binagong code.